| نام مرکز
|
:
|
کتابخانه مرکزی دانشگاه کردستان
|
| نوع مدرک
|
:
|
پایان نامه فارسی
|
| زبان مدرک
|
:
|
فارسی
|
| شماره رکورد
|
:
|
258849
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۲۰۷پ
|
| شماره راهنما
|
:
|
Reg. No. ۶۳۰۸
|
| سرشناسه
|
:
|
پدیدآور اروجی، فاطمه،
|
| عنوان
|
:
|
مطالعه توزیع توالیهای DNA تکراری برخی گونههای جنس Nigella با استفاده از توالییابی نسل جدید و FISH [پایان نامه]
|
| نویسنده
|
:
|
/ فاطمه اروجی
|
| استاد راهنما
|
:
|
؛ قادر میرزاقادری
|
| استاد مشاور
|
:
|
؛ Yi-Tzu Kuo & Jörg Fuchs
|
| محل تحصیل
|
:
|
دانشگاه کردستان، دانشکده کشاورزی
|
| سال تحصیل
|
:
|
، ۱۴۰۲.
|
| صفحه شمار
|
:
|
t، ۱۱۴ ص: : مصور (رنگی)، جدول.+ + فایل الکترونیکی
|
| مقطع تحصیلی
|
:
|
دکترا
|
| رشته تحصیلی
|
:
|
بیوتکنولوژی در کشاورزی
|
| دانشگاه
|
:
|
کردستان
|
| دانشکده
|
:
|
دانشگاه کردستان، دانشکده کشاورزی
|
| نمره دانشجو
|
:
|
عالی
|
| چکيده
|
:
|
نایجلا تیره کوچکی از خانواده Ranunculaceae است که در دریای اژه و از نواحی غربی-ایرانی-تورانی منشأ گرفته و پراکنده شده است. مقایسه توالیهای تکراری در N. sativa، N. damascena و N. bucharica با استفاده از توالییابی ژنومی Illumina با پوشش کم و به دنبال آن کاریوتایپ و نقشهبرداری FISH از هفت گونه جنس نایجلا توسط کاوشگر توالیهای تکراری شناسایی شده و کاوشگرهای DNA ریبوزومی (rDNA) انجام شد. همچنین توالی کامل ژنوم کلروپلاست هر سه گونه سرهمبندی و مقایسه گردید. توالیهای تکراری (با تعداد کپی بالا و متوسط) به ترتیب 52/57، 01/59 و 73/64 درصد از ژنومهای N. sativa، N. damascena و N. bucharica را تشکیل میدهند. تقریباً نیمی از ژنوم سه گونه، رتروترانسپوزونها (ترانسپوزونهای کلاس I) هستند، درحالی که ترانسپوزونهای DNA (ترانسپوزونهای کلاس II) تنها حدود 2 درصد از ژنومها را تشکیل دادهاند. گونههای نایجلای بررسی شده دارای ژنوم بزرگی در حدود 4/7 تا 4/12 Gbp/1C هستند. یکی از دلایل طولانی بودن چرخه سلولی که توسط EDU بررسی شد، بزرگ بودن ژنوم در این جنس است. تنها دو توالی تکراری ماهوارهای در N. sativa، یک مورد در N. damascena و چهار مورد در N. bucharica شناسایی شدند که غالبا (peri)centromeric بودند و حدود %1 از هر ژنوم را تشکیل دادند. تنوع زیادی در تعداد و موقعیت جایگاههای S rDNA45 در میان گونههای نایجلا مشاهده شد. جالب توجه است، در N. hispanica، هر کروموزوم حداقل یک جایگاه S rDNA45 را نشان داد که یکی از آنها همیزیگوت بود. همچنین در N. sativa با استفاده از Ag-NOR مشخص شد که دو جفت از سه جفت جایگاه S rDNA45 فعال هستند. براساس تعداد کروموزوم، اندازه ژنوم و سیگنالهای بدست آمده از کاوشگرهای ماهواره¬ای (peri)centromeric، سه گروه کاریوتیپ مشاهده شد: دو گروه با n2 = x2 = 12 و فرمول کاریوتیپ t2 + m10 (شامل N. sativa، N. arvensis، N. hispanica بهعنوان گروه اول و N. damascena و N. orientalis به عنوان گروه دوم) و گروه دورتر با n2 = x2 = 14 و فرمول کاریوتایپ t4 + st2 + m8 (شامل N. integrifolia و N. bucharica). این گروههای کاریوتیپ با آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از توالیهای ITS و rbcL تطابق داشتند. نتیجه میگیریم که تنوع در توالیهای (peri)centromeric، تعداد و محل قرارگیری rDNAها روی کروموزوم و همچنین تعداد کروموزوم (دیسپلویدی) در تکامل جنس نایجلا نقش دارند.
|
|
|
:
|
Nigella is a small genus belonging to the Ranunculaceae family which is presumably originated and distributed in Aegean and the adjacent Western-Irano-Turanian region. Comparative repeat analysis of N. sativa, N. damascena and N. bucharica was performed using low-pass Illumina genomic reads followed by karyotyping and FISH mapping of seven Nigella species using the in silico identified repeats and ribosomal DNA (rDNA) probes. Also, the complete sequence of the chloroplast genome of all three species was assembled using sequencing data and compared together. High- and moderate-copy repeat sequences occupy 57.52, 59.01, and 64.73% of N. sativa, N. damascena and N. bucharica genomes, respectively. Roughly, half of the genomes are retrotransposons (class I transposons), while DNA transposons (class II transposons) contributed to only about 2% of the genomes. The analyzed Nigella species possess large genomes of about 7.4 to 12.4 Gbp/1C. One of the reasons for the longer duration of the cell cycle investigated by EDU is the large genome in this genus. Only two satellite repeats in N. sativa, one in N. damascena and four in N. bucharica were identified, which were mostly (peri)centromeric and represented about 1% of each genome. A high variation in number and position of 45S rDNA loci were found among Nigella species. Interestingly, in N. hispanica, each chromosome revealed at least one 45S rDNA site and one of them occurs in hemizygous condition. Also in N. sativa using Ag-NOR, it was determined that two pairs of three pairs of 45S rDNA sites are active. Based on the chromosome numbers, genome size and (peri)centromeric satellites, three karyotype groups were observed: Two with 2n = 2x = 12 and a karyotype formula of 10m C 2t (including N. sativa, N. arvensis, N. hispanica as the first group and N. damascena and N. orientalis as the second group) and a more distant group with 2n = 2x = 14 and a karyotype formula of 8m C 2st C 4t (including N. integrifolia and N. bucharica). These karyotype groups agreed with the phylogenetic analysis using ITS and rbcL sequences. We conclude that variation in (peri)centromeric sequences, number and localization of rDNA sites as well as chromosome number (dysploidy) are involved in the diversification of the genus Nigella.
|
| توصیفگر
|
:
|
توالیهای تکراریRepetitive sequences
|
|
|
:
|
ماهوارههاSatellites
|
|
|
:
|
تکامل کاریوتیپKaryotype evolution
|
|
|
:
|
جنس NigellaNigella genus
|
|
|
:
|
توالی ماهوارهایSatellite sequence
|
| شناسه افزوده
|
:
|
استاد راهنما میرزاقادری، قادر،
|
|
|
:
|
، استاد مشاورKuo, Yi-Tzu,
|
|
|
:
|
، استاد مشاور Fuchs, Jörg,
|
| شناسه افزوده
|
:
|
دانشگاه کردستان. دانشکده کشاورزی
|